Das gesegnetste Land der Welt sei der Breisgau, schrieb Dorothea Schlegel 1818 bei einem Aufenthalt in Krozingen an ihren Mann, beeindruckt von der Fruchtbarkeit der Landschaft und der Wohlhabenheit ihrer Bewohner. Das gesegnetste Land der Welt - so mag es auch dem heutigen Besucher erscheinen, der an einem sonnigen Oktobertag zwischen Reben und Obstbäumen mit Blick auf Schwarzwald und Vogesen nach Bad Krozingen fährt.

Dank seiner guten Verkehrsanbindung ist Bad Krozingen leicht zu erreichen. Überhaupt ist die Geschichte der Gemeinde maßgeblich durch die Lage an der großen Rheintalstraße bestimmt. In der Römerzeit muss hier eine bedeutende Siedlung bestanden haben, deren Einwohnerzahl neuerdings auf bis zu 5000 Einwohner geschätzt wird. Die Siedlung wird in der neu gestalteten Abteilung des Stadtmuseums umfassend dokumentiert. Herausragend sind die Funde von Töpfereien mit Brennöfen, die im Bereich der Straßen Am Alamannenfeld sowie Am Römerbrunnen und Gärtnerweg nördlich und südlich der heutigen Stadt lagen. Oberirdisch sichtbar sind heute wieder der Römerbrunnen an der Bundesstraße 3 und der Römerkeller hinter der Schwarzwaldklinik im Kurgebiet. Ein Gebiet südlich des Schlosses, wo der Kern der römischen Siedlung vermutet wird, ist als Grabungsschutzgebiet ausgewiesen.

Aus alamannischer Zeit stammt ein großes Gräberfeld im Bereich der Straße Am Alamannenfeld, dessen Gräber in den Zeitraum vom 6. bis zum 8. Jahrhundert datiert werden. Nur wenig jünger ist der erste urkundliche Beleg für die Siedlung Krozingen in einer Schenkung für Kloster St. Gallen. Die Urkunde wird nach neuesten Forschungen auf das Jahr 799 datiert.

Die Rheintalstraße kreuzte in Bad Krozingen den Neumagen, über den eine Furt führte. Oberhalb der Furt errichtete man auf einer kleinen, hochwassersicheren Anhöhe neben der Pfarrkirche einen Herrenhof, der im Bereich des heutigen Rathauses zu suchen ist. Die Bedeutung des Platzes im Hochmittelalter ist durch einen Aufenthalt Bernhards von Clairvaux belegt, der hier 1146 oder 1147 predigte. Der Herrenhof wurde im Dreißigjährigen Krieg zerstört. Kirche und Hof waren mit einer Mauer und einem Wassergraben umgeben (die heutige Grabenstraße), den man im 18. Jahrhundert verfüllte.
Neben dem Wehrbau am Neumagen und der Siedlung entlang der Handelsstraße gehörten zu Krozingen zwei landwirtschaftlich geprägte Siedlungen, Oberkrozingen und Kems, die erst seit den 1960er Jahren auch baulich deutlich mit Krozingen verbunden sind. In Oberkrozingen ist seit dem 7. Jahrhundert eine Siedlung nachweisbar, zu der die allerdings erst im Hochmittelalter errichtete Glöcklehofkapelle gehörte.

Die Grundherrschaft in Krozingen war früh zersplittert. Herauszuheben sind die großen Besitzkomplexe der Klöster St. Trudpert und St. Blasien. St. Blasien nutzte Krozingen als Zentrale für die Verwaltung seiner Breisgauer Güter. Dafür errichtete das Kloster 1579 die Propstei, das heutige Schloss. Kloster St. Trudpert verfügte neben den Liegenschaften vor allem über das Recht, den Pfarrer in Krozingen einzusetzen.

Mit den Herren von Krozingen besaß der Ort ein eigenes Adelsgeschlecht, das sich allerdings bald aus Krozingen zurückzog. Die Ortsherrschaft wechselte in der Folgezeit mehrfach unter Breisgauer Adelsgeschlechtern. Die Krozinger bewahren besonders das Andenken an den Ortsherrn Johann Heinrich von Landeck (gest. 1572), der eine großzügige Stiftung zugunsten armer Schüler hinterließ. Von der 2. Hälfte des 17. bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts übten die Freiherren von Pfirt die Ortsherrschaft aus. Schon am Ende des 13. Jahrhunderts tauchte daneben eine selbstständig handelnde Bauernschaft auf, aus der sich die politische Gemeinde entwickelte.

Als Teil der Landgrafschaft im Breisgau unterlag Krozingen außerdem seit Beginn des 15. Jahrhunderts österreichischer Oberhoheit. Mit den vorderösterreichischen Gebieten gelangte es zu Beginn des 19. Jahrhunderts an das Großherzogtum Baden.

Die neuzeitliche Entwicklung Krozingens blieb von der Rheintalstraße geprägt. Seit der Frühen Neuzeit ist an der Basler Straße eine ganze Kette von Gastwirtschaften nachweisbar, die den Reisenden Erquickung boten. 1742 richtete Thurn und Taxis eine Personenpost von Frankfurt nach Basel ein, die in Krozingen einen Haltepunkt erhielt und den Ort damit zu einem Verkehrszentrum machte. Die Postverbindung erzwang den Neubau der Neumagenbrücke, die man mit prächtigen Steinstatuen schmückte.

Eine logische Folge von Straße und Postverbindung war der Bau der Eisenbahn von Freiburg nach Basel, die der Rheintalstraße folgte. Der Bahnhof Krozingen, der die Verkehrsbedeutung Krozingens unterstrich, wurde 1847 eröffnet, während das alte Verwaltungs- und Marktzentrum des Raums, die Stadt Staufen, erst 1894 eine Zweigbahn erhielt, die in Krozingen an die Hauptstrecke anschloss.

Mit den guten Verkehrsverbindungen wurde Krozingen für Gewerbe und Industrie interessant. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts ließ sich hier die aus dem Aostatal stammende Handelsfamilie Litschgi nieder, deren erfolgreiche Geschäfte ihnen später die Bezeichnung als Fugger des Breisgaus einbrachten. Anfang des 19. Jahrhunderts erhielt Krozingen das Marktrecht; in der zweiten Jahrhunderthälfte folgten weitere Gewerbebetriebe, die schließlich zu Industriebetrieben wuchsen, so zum Beispiel die holzverarbeitenden Betriebe Zimber und Richtberg. Im Norden der Stadt entstand ein Gewerbegebiet.

Überdeckt wurde diese Entwicklung durch die Erbohrung der Thermalquelle im Jahre 1911, die den Grundstein zur modernen Entwicklung Krozingens als Kur- und Bäderort legte. Bei Ölbohrungen stieß man auf eine meterhoch sprudelnde Mineral-Thermalquelle, die Nena-Quelle. Nach bescheidenen Anfängen erfuhr die Bad Krozinger Kur in den späten 1920er Jahren einen ersten Aufschwung, der sich 1933 in der Verleihung des Titels Bad niederschlug. In den 1950er Jahren folgte ein regelrechter Boom, der zum raschen Ausbau des heutigen Kurgebiets führte. Zu einem Meilenstein wurde die Ergänzung der Kur- und Rehabilitationsanwendungen durch das klinische Herz-Zentrum im Jahr 1972 (damals noch Benedikt-Kreutz-Rehabilitationszentrum), heute der größte Arbeitgeber Bad Krozingens.

In der Folgezeit wuchs Bad Krozingen rasch: zählte die Gemeinde zu Beginn der 1950er Jahre rund 3000 Einwohner, waren es zu Beginn der 1970er Jahre 5500, 1975 nach den Eingemeindungen der Ortsteile 10.000, 1985 12.000, 1995 14.000 und heute knapp 21.500 Einwohner. Für die wachsende Bevölkerung wurden neben der altherkömmlichen Volksschule (heute Johann-Heinrich-von-Landeck-Schule, Grund- und Werkrealschule) 1971 eine Realschule (Max-Planck-Realschule) und 1998 ein Gymnasium (Kreisgymnasium) eingerichtet.

Aufgrund seiner erfolgreichen Entwicklung erhielt Bad Krozingen 2005 das Stadtrecht.