Hausen hat eine ebene Lage zwischen Freiburg und Breisach, eine fruchtbare Gemarkung und wohlhabende Leute, wusste man 1814 in Karlsruhe, als das Dorf kurz zuvor an das Großherzogtum Baden gekommen war. Tatsächlich bestimmte die Fruchtbarkeit der Felder jahrhundertelang das Schicksal des von der Landwirtschaft geprägten Orts.

Schon früh suchten auswärtige Herrschaften den Zugriff auf die ertragreichen Höfe. Bereits im Hochmittelalter waren die Klöster Günterstal, St. Ulrich, St. Peter und St. Trudpert ebenso wie Freiburger Bürger begütert; den klösterlichen Grundstücksgeschäften verdankt sich demgemäß auch die erste urkundliche Erwähnung Hausens im Jahr 1147.

Die Ortsherrschaft war im Spätmittelalter Eigentum der Herren von Staufen, von denen sie über Kloster Günterstal 1621 an die Herren von Falkenstein kam, die bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts größter Grundherr in Hausen waren. Zugleich gehörte Hausen zur Landgrafschaft im Breisgau und ging mit dieser im 15. Jahrhundert an die Habsburger. Hausen war damit bis 1805 Teil des vorderösterreichischen Breisgau, mit dem es in der Folgezeit an das Großherzogtum Baden fiel. Seit dem 17. Jahrhundert führte Hausen zur Unterscheidung von gleichnamigen Orten den Zusatz an der Möhlin.

Als der Krozinger Handelsmann Johann Franz Litschgi in den 1730er Jahren im Auftrag Österreichs die Holzlieferungen aus dem Schwarzwald zur Festung Breisach übernahm, wurde auf der Markung Hausen der sogenannte Litschgi-Kanal gebaut, auf dem das Holz mit Hilfe des Wassers der Möhlin verflößt wurde. Der Kanal, von dem Reste bis heute zu sehen sind, zog sich entlang der heutigen Bundesstraße B 31 in Richtung Breisach.

Durch seine Lage an der Möhlin wurde Hausen immer wieder Opfer von Hochwassern. Bei einem besonders verheerenden Hochwasser 1744 sollen große Teile des Dorfs zerstört worden sein. In der Folgezeit entstand entlang der Falkensteiner Straße das beachtenswerte Ensemble von Vogtei, großen Bauernhäusern sowie der beiden Gasthäuser Adler und Löwe.

In der Mitte der Falkensteiner Straße steht die 1360 erstmals erwähnte St.-Johannes-Kirche. Sie war Filial der Pfarrkirche Feldkirch und gehört heute zum Seelsorgebezirk Bad Krozingen. Die Kirche wurde 1787-1789 neu gebaut. Neben ihr errichtete die Gemeinde ein Schul- und Rathaus (heute Ortsverwaltung und Bürgersaal) sowie das Spritzenhaus.

Eine politische Gemeinde lässt sich in Hausen schon im 15. Jahrhundert nachweisen. Die aufgrund der vermögenden Landwirtschaft selbstbewusste Gemeinschaft wurde zum 1. September 1973 nach Bad Krozingen eingemeindet.

Mit dem Bau der Autobahnanschlussstelle in unmittelbarer Nähe des Orts im Jahr 1960 veränderte sich die Gemeinde innerhalb weniger Jahre grundlegend. Für Pendler wurden im Nordwesten des Dorfkerns Baugebiete angelegt; im Südosten entstand ein Gewerbegebiet. Die Ortsstraßen wurden ausgebaut, die Möhlin verlegt und begradigt, ein neues Schulhaus gebaut, eine Kanalisation und eine neue Wasserversorgung eingerichtet.

Mitte der 1960er Jahre bauten die Stadtwerke Freiburg ein großes Wasserwerk auf der Gemeindemarkung, über das auch - ein bedeutender politischer Erfolg für die Gemeinde - die Wasserversorgung von Hausen sichergestellt wurde. Seit 2007 beliefert das Wasserwerk Hausen auch Bad Krozingen und den Ortsteil Tunsel.