Die Geschichte von Schlatt ist eng mit der Quelle des Dorfbachs verknüpft, die am Fuß des Schlatter Bergs entspringt. Noch heute erkennt man das Wachstum des Orts entlang des Dorfbachs, dem die Lazariterstraße folgt.

Der Schlatter Berg ist ein wichtiger Fundplatz der Hallstattzeit. Archäologische Ausgrabungen, die in den 1960er Jahren im Zuge der Neuanlage der Rebfluren durchgeführt wurden, legten an der durch steile Hänge geschützten Nordspitze des Bergs eine keltische Siedlung des 6. vorchristlichen Jahrhunderts frei, die durch einen Graben und eine Mauer geschützt war. Zu dieser Siedlung gehörten vermutlich die noch heute im Gelände zu erkennenden Grabhügel im Wäldele.

Die Geschichte des heutigen Dorfs begann in der Merowingerzeit. In diese Epoche datieren mehrere Steinkistengräber des 7. und 8. Jahrhunderts, die ebenfalls auf dem Schlatter Berg gefunden wurden. Urkundlich ist Schlatt erstmals um 1130 belegt, als eine Familie von Slatha dem Kloster St. Peter Güter schenkte. Später kam Schlatt in den Besitz der Herren von Staufen.

Diese gründeten um 1270 in Schlatt ein Lazariterkloster, das zugleich ein Pflegeheim für Leprakranke (sogenanntes Leprosenhaus) betrieb. Der Konvent schloss sich wegen wirtschaftlicher Schwierigkeiten 1362 dem Johanniterorden an und löste sich auf. Vermutlich ging die heutige Klostermühle aus dem Konventsgebäude hervor. Schlatt gehörte fortan unter österreichischer Landesherrschaft zur Johanniterkommende Heitersheim, bis diese 1805 an das Großherzogtum Baden fiel. 1974 gründete sich auf Betreiben von Pfarrer Dr. Theodor Kurrus in Schlatt erneut eine Lazariterkommende mit karitativen Zielen.

Unter den Johannitern bildete sich in Schlatt eine selbstbewusste politische Gemeinde, der ein Dorfgericht und ein Vogt vorstanden. 1810 kaufte die Gemeinde Wald auf der Markung Bollschweil, der heute Teil des Bad Krozinger Stadtwalds ist. Zu diesem Waldstück gehörte auch die in jüngster Zeit wieder hergerichtete Burgruine Birchiburg auf dem Birkenberg. Nach einer Bürgerabstimmung wurde Schlatt zum 1. Januar 1973 nach Bad Krozingen eingemeindet.

Die Quelle, die aus Wasserschichten des Neumagen gespeist wird und früher eine höhere Schüttung besaß, galt als wundertätig. Aus dem alten Fridolin-Altar in der Kirche möchte man schließen, dass hier der als Missionar tätige hl. Fridolin im 6. Jahrhundert gepredigt und getauft hat. Noch im 18. Jahrhundert sollen Säuglinge vor der Taufe in der Kirche in das Quellwasser getaucht worden sein. Die Quelle sicherte zugleich die Wasserversorgung des Dorfs. Bereits 1866 baute die Gemeinde eine zentrale Wasserversorgung, die sich aus der Quelle speiste.

Schlatt war über Jahrhunderte landwirtschaftlich geprägt; stolze Höfe entlang der Lazaritenstraße zeugen von einem wohlhabenden Bauernstand. Noch heute befinden sich in dem Ort mehrere Vollerwerbsbetriebe, die unter anderem weitbekannte Sonderkulturen mit Erdbeeren und Spargel betreiben. Das jährlich gefeierte Erdbeer- und Spargelfest in Schlatt ist zu einem Termin für die ganze Region geworden. Schon im 13. Jahrhundert lässt sich der Weinbau nachweisen, der seit der Reblandumlegung auf dem Schlatter Berg in den 1960er Jahren neuen Aufschwung erhielt und heute international anerkannte Spitzenleistungen erreicht.